Der BOGK hat folgende Gremien:

Mitgliederversammlung

Sie wählt den Vorsitzenden und beschließt den Haushalt des Verbandes.

Vorstand

Der Vorstand besteht aus je vier Delegierten der vier Gruppenvorstände (jeweils die Gruppenvorsitzenden, ihre Stellvertreter sowie zwei weitere Gruppenvorstandsmitglieder) sowie dem Vorsitzenden des Verbandes. Die Gruppenvorstände werden von den Fachgruppen gewählt. Die Amtszeit dauert jeweils drei Jahre. Wiederwahl ist zulässig.

Fachgruppen

Die Arbeit des Verbandes ist in die vier Fachgruppen gegliedert, die jeweils ihre eigenen Gruppenvorstände bilden. Ein Mitgliedsunternehmen kann Mitglied in mehreren Fachgruppen sein, entsprechend seinem Produktportfolio.

Ausschüsse und Arbeitsgruppen

Die eigentliche Arbeit findet in den Ausschüssen und Arbeitsgruppen statt. Derzeit gibt es drei Fach-Ausschüsse sowie zwei Rohwarenausschüsse und etliche Arbeitsgruppen.

Externe Gremien

Ein Großteil der Arbeit des Verbandes findet darüber hinaus in Form der Mitarbeit in externen Gremien der deutschen und europäischen Dachverbände, Ministerien bzw. EU-Kommission und Forschungseinrichtungen statt.